При поддержке гранта РНФ во ВНИИСПК создана основа для генетической паспортизации сортов рода смородина (Ribes L.)

С увеличением количества сортов плодово-ягодных культур актуальным становится процесс идентификации сортов. В современных исследованиях по изучению генетического разнообразия и идентификации растений, картированию генов и геномов востребованной и высокоэффективной оказалась маркерная система – SSR-маркеры. Эта система часто используется при изучении межвидового и внутривидового генетического полиморфизма плодовых и ягодных культур, позволяет составить уникальные генетические профили генотипов.

В федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур», в рамках выполнения гранта РНФ «Изучение генома смородины (Ribes L.) с помощью ДНК маркеров» № 18-76-0032, Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными, была проведена работа по формированию базы данных микросателлитных профилей 74 сортов смородины красной (Ribes rubrum), 53 сортов черной смородины (Ribes nigrum) и 1 сорта крыжовника (Ribes uva-crispa) из коллекции ВНИИСПК. Исследование проводилось с использованием 14 SSR-маркеров (g1-K04, g1-M07, e1-O01, Cra-489, Cra-531, e3-B02, g1-L17, g2-G12, g2-H21, e1-O21, gr2-J05, g1-A01, g2-J08, g1-L12) с флуоресцентными метками FAM (синяя) и R6g (зеленая).

В процессе составления базы данных проводили выделение ДНК из молодых листьев СТАВ-методом (DoyleJ.J. et al, 1990 г.). Реакцию амплификации проводили в следующем режиме: предварительная денатурация – 5 мин при 95 °С; денатурация – 30 сек при 95 °С; отжиг праймера – 30 сек. при температуре, подобранной для каждого маркера (см. таблица 1 базы данных); синтез ДНК – 30 сек при 72 °С (всего 30 циклов); завершающий этап (элонгация) – 10 мин при 72 °С.

Данные для базы данных получены с использованием наиболее точного метода детекции полиморфизма микросателлитных локусов – фрагментный анализ путём капиллярного электрофореза.

ПЦР продукты нескольких локусов, отличающиеся по размерам и флуоресцентной метке собирали в один мультиплекс, т.е. анализировали одновременно. Для анализа данных использовали программу Peak Scanner Software_v01.

Полученные данные представлены в базе данных, которая может быть использована для идентификации и сертификации сортов смородины, составления генетических паспортов, поможет в уточнении родословных, защите авторских прав селекционеров и фундаментальных исследованиях генома представителей рода смородина.

База данных содержащая перечень аллелей, амплифицируемых в 14 микросателлитных локусах на ДНК 128 генотипов представителей рода смородина находится в открытом доступе на странице генофонда ВНИИСПК (УНУ ГФ ВНИИСПК)